Vinicius, bom dia.
Primeiramente o empregado deverá passar pelo medico da empresa(trabalho), caberá esse verificar, ( menciono isso porque alguns que trabalham na área de rh/dp pensam que pode encaminhar a pericia sem definição/conhecimento do depto médico).
Se positivo, então você deverá agendar pelo 135 ou pelo site https://www.inss.gov.br, e fazer uma carta/comunicado mencionando os atestados e o período.
"De acordo com o art. 75 do Decreto nº 3.048/1999, durante os primeiros 15 dias consecutivos, ou seguidos, de afastamento de um empregado segurado pelo INSS por motivo de doença, é de responsabilidade da empresa pagar o salário do funcionário. Ao ultrapassar os 15 dias, o segurado será encaminhado à perícia médica do INSS, que poderá providenciar o pagamento do auxílio-doença ao trabalhador do período subseqüente ao décimo quinto dia.
Caso o empregado retorne à atividade no décimo sexto dia (após os 15 dias de afastamento) e devido a mesma doença voltar a se afastar dentro de 60 dias após o retorno, caberá ao INSS fornecer o pagamento do auxílio-doença a partir da data do novo afastamento.
Contudo, quando ocorrerem dois afastamentos consecutivos, sendo um de 15 e outro de 10 ou de 15 dias consecutivos, somando um máximo de 30 dias e, resultantes de doenças distintas e não interligadas (ou seja com CIDs diferentes), o funcionário não poderá ser encaminhado ao INSS para receber o auxilio doença. Caberá a empresa pagar normalmente os dias de afastamento deste funcionário."
E por isso que é importante o médico do trabalho definir, se mesmo com o CID diferente se refere a mesma doença, haja visto que tem atestado médico sem o CID (isso porque o paciente não autorizou o médico, previsto em lei).
