Gilberto,
A Insalubridade assim como a periculosidade não deve ser descontada com faltas justificadas, injustificadas e ou atrasos.
Proporcionalidade eu considero somente em casos de admissão e demissão.
Mesmo que o colaborador não tenha ficado exposto, o valor é considerado como base de calculo (Periculosidade 30% do salario) e Insalubridade(10, 20, ou 40% do salario minimo), portanto o pagamento não pode ser proporcional, e sim integral.
Em todos julgamento trabalhistas as empresas perderam.
Como disse o Fabio Noronha, é interpretação, mas os tribunais tem sempre dado causa ganha para o trabalhador.
Veja a sumula:
Súmula nº 47 do TST
INSALUBRIDADE (mantida) - Res. 121/2003, DJ 19, 20 e 21.11.2003
O trabalho executado em condições insalubres, em caráter intermitente, não afasta, só por essa circunstância, o direito à percepção
do respectivo adicional.
Por prudência, pagaria de forma integral.