Férias em dobro depois do retorno do afastamento

Boa tarde.

Um funcionário entrou em afastamento em 13/02/2014 e retornou em 18/03/2015.
Tinha o período aquisitivo de férias de 01/06/2012 a 30/05/2013 e outro 01/06/2013 a 30/05/2014.
Sendo que dentro do ultimo período ele se afastou e não teve como liberar as férias.

O sistema gerou as férias em dobro data das férias 01/04/2015 a 30/04/2015, no meu entendimento esta correto, mas a cliente alega que a empresa ficaria livre do pagamento em dobro devido ao afastamento.

Alguém já teve alguma situação igual a essa?

Bom dia.
Ariane, explique que o afastamento ocorreu dentro do período aquisitivo, 01.06.2013 à 31.05.2014, esse período ele terá direito as férias, isso porque não ultrapassou os 180 dias, mas no período aquisitivo de 01.06.2014 à 31.05.2015, esse sim, ele irá perder, isso porque ficou mais de 06 meses (180 dias) afastado.
Como retornou ao trabalho em 18.03.2015, inicia-se um novo período aquisitivo, 18.03.2015 à 17.02.2016, e assim sucessivamente, resumindo

- Período em aberto =... 01.06.2013 à 31.05.2014,
- Período sem direito = 01.06.2014 à 31.05.2015, afastado de 01.06.2014 à 17.03.2015, mais de 180 dias.
- Novo período aquisitivo = 18.03.2015 à 17.03.2016, motivo retorno do afastamento.

ok