Joyce, boa tarde.
Não entendi muito bem sua pergunta, mas com relação ao décimo terceiro, (antecipação - exemplo em Julho), se a empresa ainda não tem o índice do dissidio então ela calcula sobre o salario de Junho e na segunda parcela em Dezembro, paga-se então a diferença.
Exemplo
1ª parcela - Junho/2015 - salario R$ 2.000,00 = 1.000,00 (50% )
2ª parcela - Dezembro/2015 - salario R$ 2.100,00 =
............13 Salario = 2.100,00
............INSS =............. 189,00
....1.Parcela =...........1.000,00
Liquido.........................911,00
ok.