Boa tarde minha xará..
Olha, verifique se na gfip dessas competências está constando realmente que o funcionário estava afastado, confirme também se foi por doença, porque se foi por acidente do trabalho essas guias devem ser recolhidas em atraso antes do desligamento e você também deve respeitar o período de estabilidade garantido. Se no caso foi por doença o motivo do afastamento, é só você anotar no livro de registro no campo "Acidentes ou doenças profissionais" e por desencargo de consciência leve com você a documentação do afastamento no dia da homologação.