Boa tarde, Walerson!
Os descontos desses minutinhos podem ser feitos com tolerância de até 5 minutos. Antigamente havia uma tolerância de 10 minutos, o que foi mudado recentemente. Por exemplo, se o horário de entrada do funcionário é 08:00hs, e o mesmo chega para trabalhar às 08:04, vc não poderá descontar nada, devido aos cinco minutos de tolerância. Porém, se o funcionário chegar às 08:10, vc poderá descontar os 10 minutos. O mesmo vale se o funcionário chegar para trabalhar às 07:56hs, neste caso, a empresa também não deverá arcar com os minutos excedentes a título de hora extra. Mas se o funcionário chegar às 07:50hs, aí sim a empresa precisa pagar os 10 minutos excedentes a título de hora extra.
Antes de realizar os descontos, verifique se há algum acordo de compensação com o sindicato da classe, pois se houver, esses descontos não poderão ser efetuados.
Se por ventura não houver no sindicato nenhum acordo de compensação, o fato de vc descontar esses minutinhos de atrasos dos funcionários, não refletirá qualquer tipo de desconto nas férias dos mesmos.
Espero que tenha ajudado!
Abraços!