Allan
Se não constar em Acordo ou Convenção Coletiva especificando o que fazer, o adiantamento por ser administrado pela Empresa da forma que melhor lhe atender.
Entendo que, por ele ter 15 dias de atestado, e a empresa não saber se iria requerer auxilio doença, adiantou só metade do valor de forma preventiva.
Exemplifico:
Em caso de requerimento de beneficio, ele teria a receber 03 dias trabalhados e 15 dias de atestado (máximo que a empresa paga), ou seja ele teria 18 dias a receber e um adiantamento de 40% do salário integral para descontar quando do fechamento da folha, isto sem falar nos demais descontos (INSS, IR e etc), daí entender que o adiantamento foi menor, já visualizando esta situação.
Espero ter ajudado