Férias Proporcionais x Faltas na Rescisão

Estou com dúvidas no cálculo rescisório da seguinte situação: Empregado tem 28 faltas em jan2016, veio pra pedir demissão, porém tem mais 3 faltas lançadas no mes de dezembro e mais 9 faltas tb de dezembro que estão sendo descontadas agora, na rescisão, em função do funcionário não ter comparecido até o fechamento da folha, acabamos pagando, imaginado que as faltas fossem justificadas por atestados como sempre fazia.
Quando calculo a rescisão, sai o pagamento normal das férias proporcionais...é correto?Achei que tivesse perdido o direito.
Ah, o período aquisitivo: 04/10/15 a 03/10/2016 . Na verdade com a rescisão 04/10/2015 a 28/01/2016. Não aparecem as faltas de janeiro no demonstrativo de férias...achei estranho. Alguém pode me ajudar?

Katia, na teoria a rescisão dele não deveria sair férias proporcionais.
Acima de 32 faltas no período aquisitivo, perde o direito a férias.

Provavelmente seu sistema de folha de pagamento, deve estar com algum parâmetro de férias errado. Dê uma olhada.