Ana , Boa Noite!
eu entendi o seguinte, voce retorno do auxilio doença porem estava indo ao medico e estava dando atestado so que o atestado não chegou ate o responsavel pela folha de pagamento para abonar suas faltas correto? sobre essa questão das faltas descontadas, mesmo voce tendo entregado os atestados, procure pra quem voce entregou esses atestados e veja com o rh da empresa como vai fazer esse procediemento de restituição desses 6 dias que foi descontado.
quanto a questão das somas dos atestados medicos, cumpre esclarecer que durante os primeiros quinze dias consecutivos de afastamento da atividade por motivo de doença, incumbe à empresa pagar ao segurado o seu salário, Ainda, na hipótese do empregado segurado se afastar por período inferior a quinze dias mas, dentro de um período de sessenta dias, voltar a se afastar pelo mesmo motivo (não quer dizer mesmo CID), alcançando a soma dos atestados mais de quinze dias, terá o trabalhador direito ao benefício previdenciário a partir do 16º dia de afastamento, mesmo que descontínuo - art. 75, § 4º e 5º do Decreto 3.048/99. Assim, caso o empregado apresente, por exemplo, atestado médico de cinco dias, volte ao trabalho por um dia e novamente se afaste por mais 14 dias, totalizando 19 dias de afastamento, deverá o empregador remunerar apenas os 15 dias iniciais (contados do primeiro atestado apresentado), cabendo ao INSS o pagamento do restante do período de afastamento - 4 dias.
Espero ter ajudado!