Horista Variável com jornada parcial

Bom dia trabalho desde o ano passado como horista variável, meu horário é das 12:15hrs as 16:42hrs, quando fui contratada o RH me informou que eu seria horista variável devido a necessidade do departamento, entendo eu que também me encaixo sob regime de jornada parcial, uma vez que não ultrapassa as 25 horas semanais, porém, tenho entrado as 12 horas e saindo as 16:50 hrs, registro meu cartão no ponto eletrônico, esse mês as horas pagas não bateu com o controle que eu faço, fui questionar o RH e fui informada que não foi computado total as horas trabalhadas devido o ponto ter a tolerância de 15 minutos de entrada e saída conforme convenção, enfim...minha dúvida é eu sendo funcionária horista variável em regime parcial, é correto não me pagar as tolerâncias ??Grata Camila