Daniele,
Faça uma reunião com a empresa, exponha o passivo que pode ocorrer e apresente modelo de termos a serem implantados, assim você estará mostrando a empresa como resolver e caso não adotem medidas, o prejuízo que pode ocorrer, formalize tudo para não ser cobrada posteriormente.
Exemplo prático:
O responsável pela empresa fará uma reunião com todos explicando quanto ao custo e direito do benefício do vale transporte, colherá assinatura de todos em ata de reunião, solicitará atualização cadastral de endereço, no nome do funcionário (não serve, pai, mãe, aluguel, etc).
Padronize um termo onde conste os dados do funcionário inclusive, com endereço e linha a a ser utilizado, caso não queiram receber, deverão fazer carta de próprio punho solicitando o cancelamento e informando ciência de que não poderão voltar a solicitar num prazo de 6 meses, salvo em caso de mudança e ainda assim, só voltam a receber após novo comprovante de endereço.
Isso diminuirá o seu trabalho, porque planilhar vale transporte é chatinho, principalmente se você tem funcionários em diversos locais do país (é o meu caso), terá uma visão mais clara e uniforme do custo do benefício para planejamento do setor e, evitará cobranças futuras.
Att
Angel