O atestado médico, para abono de faltas ao trabalho, tem limitações regulamentadas por lei. O Decreto 27.048/49 que aprova o regulamento da Lei 605/49, no artigo 12, §1º e 2º, dispõe sobre as formas de abono de faltas mediante atestado médico, e não devem ser recusados, exceto se for reconhecido favorecimento ou falsidade na emissão.
Os atestados superiores à 15 dias, com o mesmo CID, dentro de um período de 60 dias a empresa deverá encaminha o funcionário ao INSS.
Agora quanto a sua pergunta de estipular a quantidade de atestados que a empresa aceitará, não há embasamento legal.
O que ocorre se é que algumas convenções, e que é mais comum, que se estipula quantas horas de atestados no caso de acompanhante à dependentes.
Por exemplo essa cláusula de Convenção Coletiva:
Parágrafo 2º - Serão reconhecidos e aceitos pelas empresas, para justificativa de falta, os atestados odontológicos, limitados a dois dias e meio, por ano.
Espero ter ajudado.
Att.,