Vinícius,
Nesse caso, eu primeiramente solicitaria um documento comprovando a prisão. Em posse do documento, afastaria com licença sem remuneração.
A Justa Causa só pode ser aplicada em casos de condenação. Caso o funcionário seja inocentado, ele retorna às atividades.
Normalmente o empregador já quer aplicar a JC, ou mesmo, aproveita a ausência para aplicar abandono. Esses procedimento são extremamente questionáveis uma vez no caso da JC ele não pode ser penalizado sem julgamento e no abando, é questão de lógica que ele não poderá se apresentar na empresa.