Marcelo,
Ainda existe o problema da marcação britânica, que não é acolhida pelos juízes em caso de reclamação trabalhista. Eles enxergam a fraude neste tipo de marcação e a mesma seve como prova contra o empregador.
Não há o que se falar em "evitar", e sim tomar uma medida efetiva, pq este caso é causa ganha , é o tipo de causa que o advogado nem precisa se esforçar.
Se a sua empresa não possui um manual de regras e conduta, onde o funcionário toma ciência logo na admissão , e mesma que tenha, eu faria um aditivo informando as proibições e as punições, caso isso venha ocorrer e é claro, isso deve ser entregue a TODOS os funcionários, e teria esse documento assinado no prontuário de cada um.
Só tenha o cuidado na hora de redigir, em não exagerar nas punições e proibições. As proibições devem proteger o empregador, sem lesar o empregado.
Eu deixaria claro que horas extras só devem ser feitas após a autorização do gestor, (e paga-las corretamente evidentemente) pq demonstra que a empresa não é contra a pagar horas extras, desde que necessárias.
Caso amanhã, apareça um reclamação trabalhista você pode alegar que o funcionário agiu de má fé.
Todo o empregador tem o direito e o dever de se proteger de comportamentos inadequados para empresa por parte de seu funcionários, lembrando sempre que deve ser de forma educada, sem expor o empregado.
Outra coisa. Um advertência deve ocorrer no momento do fato.
Você não deve advertir um funcionário 15, 20 dias depois, pois já caracterizou o perdão tácito.
Bom..esse é meu entendimento e espero ter dado pelo menos uma luz.