Bom dia Aline
Concordando com todos os colegas que lhe responderam, a melhor forma seria mesmo contatar o sindicato e resolver da melhor maneira possível.
Entretanto a situação do Vale Transporte, no seu caso, estar sendo pago em dinheiro não descaracteriza , no caso do procedimento do desconto previsto em lei, a redução indevida de salário, muito pelo contrário, ai sim e que fica caracterizado.
O fato de estar previsto em CCT este pagamento em dinheiro , eu aqui também vivo esta situação na empresa onde presto assessoria , mas não posso deixar de lhe dizer que Ministério do Trabalho já me alertou várias vezes sobre esta situação que poderá futuramente causar demanda trabalhista , pedindo a integração destes valores no salário do empregado, mesmo previsto em CCT , até porque existe uma Lei que regulamenta este benefício, e esta é bem clara quanto as formas de pagamento, e utilização.
Boa sorte, sds.