Boa tarde Marcos !
Neste caso, como a empresa é isenta da parte patronal, o autônomo vai ter desconto de INSS no percentual de 20 % e não 11 % como seria o comum.
Veja abaixo texto do manual do SEFIP que trata deste assunto:
e) Quando a entidade beneficente isenta da cota patronal (FPAS 639) contratar contribuintes individuais diretamente, e informá-los na GFIP/SEFIP com os códigos de categoria 13 ou 15, o SEFIP aplicará a alíquota de 20% referente à contribuição desses segurados.
f) Quando o contribuinte individual, inclusive o cooperado, presta serviços a entidade beneficente isenta da cota patronal ou a pessoa física, a alíquota referente à contribuição do segurado é de 20%, conforme disposto no art. 216, §§ 26 e 31, do RPS, aprovado pelo Decreto n° 3.048/99, com as alterações do Decreto n° 4.729, de 09/06/2003. Por esta razão, os cooperados devem ser informados com as categorias 24 ou 25, na GFIP/SEFIP da cooperativa de trabalho.
Att
Daniela