A empresa pode descontar sim, se você já recebeu os valores para o mês todo e faltou (mesmo com atestado) a empresa pode descontar sim os dias que não foram utilizados, ou no caso na próxima compra de benefícios deduzir os dias que teoricamente sobraram para você utilizar quando retornar ao trabalho. Você também deve observar a convenção coletiva da sua categoria, pode ser que haja alguma observação la. ok
Lembre-se que VA não é salário...
mas verifique no seu holerit como foi feito o desconto nesse período de atestado, se eles descontaram seu vale alimentação no valor integral que recebia normalmente ou deduziram os 15 dias que ficou afastado. Provavelmente seu desconto de VA nesse período também foi menor.