Marilia, boa tarde.
Sim, o empregador pode desconta tanto a porcentagem quanto ao valor integral, exemplo
A empresa forneceu o vale refeição no período de 01.11.2016 à 30.11.2016, o empregado pede demissão e não irá cumprir o aviso prévio, nesse caso o empregado devolve o dinheiro ou a empresa desconta em valor integral, não cabendo nesse caso o valor rotineiro descontado.
Supondo que ele cumpra o aviso até o dia 14 de Novembro, então nesse caso o valor será
a) até o dia 14 de Novembro o desconto será proporcional, ou seja, será aplicado a porcentagem,
b) ja apartir do dia 16 até o final do mês ou da entrega, caso ele não devolva será descontado integralmente, sem o beneficio.
Isso também vale para o vale transporte.
lembre-se o empregado precisa ficar ciente para que não haja problema na homologação
sugiro que faça por escrito e colha a assinatura do mesmo onde ele irá optar se irá devolver ou não.