Ferias e Rescisao

Ola.
Fiz uma rescisão e o funcionário estava com ferias pedentes, a cliente me informou que já havia pago porem não informou o escritório pagamento dessas ferias, no meu programa eu coloquei como se essas ferias já tinha sido gozadas. Então fiz a rescisão normal, e foi calculado ferias proporcionais.
Só que ela não pagou essas ferias, e já tinha feito a homologação, o funcionário procurou saber e viu que não tinha essas ferias.
Pois bem emite um recibo de pagamento dessas ferias para o empregador pagar o empregado.
A minha duvida é, no meu sistema esta que as ferias foram gozadas, mas no mês de ferias gozadas não tinha lançado isso na folha sefip.
Como proceder nesse caso, pois sei que é devido o INSS?

OBS: Ferias 21/08/2016 vencida
Rescisão 04/11/2016 foi homologada em 14/11/2016

Desde já agradeço

Lamaquiane, o correto e verificar em que mês foi pago, gerando uma folha de pagto (pode ser complementar), recolher os tributos com os encargos, e reenviar a SEFIP, lembrando que os empregados não envolvidos deverão constar o cod 9