Bom dia Gisa,
Tivemos um caso semelhante aqui no escritório. Entendo que seja um transtorno, mas acredito que o ideal a fazer seria retificar o pagamento do ano 2013/2014, pois é onde acontece o fato gerador. Se caso o funcionário recorrer judicialmente à esse pagamento, ele irá recorrer com referência à esse período.
Deves também observar o prazo legal de pagamento dessas férias, pois já deviam ter sido registradas e pagas. Como não foram, podem acarretar multas por atraso do pagamento, mesmo que este seja feito ao funcionário em 2016.
Espero ter ajudado.
Abraço.