Cristiane,
Se o valor é pago em dinheiro, a única forma de recuperar o valor e de duas formas.
1. Deduzir o valor pago a maior no VT de janeiro/2017
2. Descontar na folha de pagamento 12/2016 ou 01/2017 o valor pago a maior.
Lembrando que VT pago em dinheiro não é o correto, agora, se você paga pelo cartão ( ou vale passagem, não sei o que outros Estados utilizam).
Você pode deduzir o valor pago ou descontar em folha.
Eu colocaria " Devolução de VT" na folha de pagamento, considero esta forma o mais correto.