Ana, bom dia.
O maior problema e a fiscalização da Receita Federal, ela PODERÁ (na maioria das vezes sim) pedir para a empresa recalcular e recolher com os encargos.
Outro problema também e a, vamos assim dizer, "bagunça" que poderá ocorrer na folha de pagamento, o sistema irá calcular o I.Renda, como:
a) deduzindo o adiantamento, (isso não ocorreu)
b) irá calcular como competência, (isso não e fato)
c) no próximo adiantamento, a empresa terá que explicar aos empregados como foi feito o calculo
Sugiro, que a empresa reprocesse o adiantamento, recolha com os encargos, e na folha de pagamento, crie uma verba de desconto - IR/Adiantamento (não descontado) e lance.
Depois comunique a todos os empregados que não foi deduzido no adiantamento do dia xx, e será deduzido na folha de pagamento com a descrição de (nome da verba), lembrando que essa verba não poderá ter nenhuma incidencia, principalmente para o I.Renda, isso porque a verba normalmente tem algum tipo de amarração, (para que ela possa servir de base para os descontos posterior).
Desta forma, ficará fácil
a) caso haja fiscalização, a empresa simplesmente ira comprovar através do DARF (recolhido com os encargos)
b) continuará tudo normal, principalmente a DIRF (que pra conferir no sistema CAIXA não é facil)
c) nas folhas seguinte nada mudará.
Lembrando que o custo dos encargos será da empresa e não do empregado (que não teve culpa).