Andreia, boa tarde.
Já e automático, ou seja, ele compensa as horas do sábado durante a semana, se faltou então automaticamente está sendo descontado as horas do sábado também, no seu caso 48 minutos(4h x 60m/5dias) referente ao sábado, senão ele teria que trabalhar 48 minutos no sábado e isso logicamente que é não passível de se fazer.
Mas lembre-se em verificar se no desconto ele considerou 8,8 ou 08h48m, caso contrario terá que parametrizar o sistema e tributar para desconto nas férias e decimo terceiro, isso porque algumas folhas quando descontam horas ele não considera para fins de férias, só considera FALTA e não horas não trabalhadas.
Caso tenha alguma duvida, entre em contato com o suporte da folha ou a empresa que vendeu o programa e explique e eles irão te ajudar como alterar/lançar no sistema, ok...