O fato dele ser servidor municipal não o isenta do recolhimento do INSS. Vou transcrever um comentário já postado aqui no fórum (pois não localizei o link), que trata sobre esse assunto. De qualquer maneira, se você pesquisar, vai encontrar mais informações a respeito.
"Gostaria de saber se alguém pode me informar se a retirada de pró-labore é obrigatória em empresas que estão faturando normalmente?
A princípio sim. A previdência atribuiu a empresa à obrigação da retenção e recolhimento de 11% sobre o pró-labore, conforme IN 83 e 87/2003. Porém quando disse a princípio, é porque a retirada do pró-labore não é obrigatória, o empresário retira se quiser e para tanto, esta decisão deverá constar no contrato social. Por outro lado, a previdência social atribuiu ao empresário a condição de contribuinte obrigatório, isto quer dizer que ele é obrigado a contribuir para o INSS. Mas se ele não retira pró-labore não terá base de cálculo para contribuição e quando isto acontecer ele terá que pagar o INSS como contribuinte individual com próprios recursos. Portanto, se o empresário não retira pró-labore, fica na obrigação de recolher por conta própria através do carnê um valor entre o mínimo e o Maximo de acordo com tabela da previdência, se assim não fizer uma eventual fiscalização multará a empresa porque não cumpriu com sua obrigação. "