Felipe,
Até onde sei, uma coisa não tem nada a ver com a outra. Acho que esse caso espelha bem o significado do ditado "O seu direito começa onde termina o meu".
Se o empregado está deixando a empresa sem cumprir o referido aviso prévio, é direito do patrão descontar das verbas rescisórias a quantia correspondente. O empregador até poderia dispensá-lo mas, pelo que vejo, a rescisão não está se dando de forma amistosa...
Por outro lado, se a empresa deixou de pagar os salários do funcionário, é direito do empregado entrar na justiça trabalhista para receber tudo aquilo que lhe é devido pelo tempo de trabalho referente a esse contrato.
(...)