Kamila, boa tarde.
Primeiro, a empresa deveria ter comunicado a ela para fazer o exame medico de retorno ao trabalho, ASO de retorno, onde o médico da empresa iria ou não conceder o ASO de retorno, e se negativo, a empresa encaminharia novamente ao INSS, junto com o laudo do médico da empresa e também dela.
Como, me parece que não foi feito, e ela não trabalhou, esses dias PODERÁ ser considerado como FALTA, mas como a folha de pagto foi fechada(encerrada), cabe a empresa
a) Refazer as folhas, colocando falta;
b) Deixar como estar,
Mas lembre-se e muito importante o parecer médico tanto da empresa como dela (medico que está tratando).
Como a folha de Junho ainda está em aberto, os dias de Junho colocaria como falta, desde que os meses de abril e Maio também, caso contrario se considerar como afastamento sem vencimento, então os dias de Junho também deverão ser considerado como afastamento sem vencimento.