Autônomo com habitualidade

Trabalho numa setor de serviços (transporte rodoviário) e estou com uma demanda que preciso de ajuda especialista:
Em setembro de 2015 colocamos na folha de pagamento profissional autônomo que atua no jurídico e mensalmente fazemos o pagamento com retenção de ISS e IR e fazemos a transmissão via GEFIP.
Ocorre que agora existe uma preocupação quanto a situação do profissional e precisamos regularizar sua situação, apesar de já estar caracterizado a habitualidade.
Preciso saber como desvincula~lo da folha de pagamento.
Qual a melhor alternativa? Fazer um contrato de prestação de serviços, orienta-lo a abrir um PJ ou outra sugestão?
Grato.

Marco, boa tarde.
O autonomo como já mencionou,no seu caso, passou a ser com habitualidade, caracterizando vinculo empregaticio.
O que ele pode fazer e constituir uma empresa, onde fornecerá nota fiscal.