Mariana, boa tarde.
O sindicato está correto, o empregado só perderia as férias se no periodo aquisitivo ficasse por mais de 180 dias afastado percebendo pelo INSS.
Exemplo
Periodo aquisitivo = 01.12.2016 à 30.11.2017
Afastamento = 03.02.2017 à 05.06.2017
Nesse caso ele ficou afastado 04 meses dentro do periodo,então não perderá.
O que seu sistema ele precisa ser parametrizado, (corrigido).
Vamos supor que faltava xx dias para vencer o SEGUNDO PERIODO, então a empresa pode prorrogar por mais xx dias a concessão das férias, exemplo
Periodo aquisitivo = 01.05.2015 à 30.04.2016 = 1.periodo
..............................= 01.05.2016 à 30.04.2017 = 2.periodo
Mas o empregado se afastou no dia 20.02.2017, restando para vencer o segundo periodo 41 dias (71 dias -30 dias para não pagar em dobro), e o mesmo retorna ao trabalho no dia 23.11.2017, então a empresa tem até o dia 02 de Janeiro de 2018, para conceder o primeiro periodo sem pagar em dobro. Talvez seja isso que seu sistema fez, considerando que estava vencendo o SEGUNDO PERIODO.