Monica Vieira, boa tarde.
Existe respaldo legal para um funcionário "vender" as férias de maneira integral? Não.
Portanto, não tem como uma coisa errada, ficar certa. Não tem como você pagar essa comissão em folha, pois está diretamente ligada a atividade desenvolvida pelo funcionário. Se na folha ele estava de férias, então ele não estava trabalhando. Dessa maneira é fisicamente impossível uma pessoa receber comissão se não estava trabalhando. É a mesma coisa que alguém de férias receber hora extra.
Portanto, deverá procurar "alternativas" para este pagamento. Um recibo seria uma alternativa e, caso opte por este, emita somente em uma via e a guarde consigo.
"Nas horas difíceis, jamais baixe a cabeça, porque a solução para o problema não está no chão, mas sim na sua determinação."