Funcionário não registra cartão ponto, faz horas-extras e nã

Olá.
Quando o funcionário tem um cargo de chefia (chefe de setor da indústria, responsável por uma equipe de 25 funcionários) e não registra cartão ponto, ele pode ter horas descontadas devido falta ou atraso?
Lembrando que as horas extras que são realizadas, bem como os plantões mensais realizados não são pagos. Também não há nenhum adicional na folha de pagamento do funcionário, sendo considerado apenas o salário base e horas in itineres.
Está sendo infringido algum direito?

Mts, bom dia!

Para os cargos de confiança, os empregadores atribuem uma gratificação para remunerá-los, pois, se assim não o fizessem, estariam trazendo prejuízo direto para o empregado, pois este não pode deixar seu cargo efetivo para ocupar outro de maior credibilidade, sem ser recompensado por isto.
Esta gratificação, em regra, tem o condão de substituir eventuais horas extras realizadas pelo empregado que ocupa o cargo de confiança, que por muitas vezes se encontra dispensado do controle de horário.

A gratificação dos gerentes, assim considerados os exercentes de cargos de gestão, aos quais se equiparam, para este efeito, os diretores e chefes de departamento ou filial corresponde a, no mínimo, 40% do salário do empregado.

Independentemente do número de empregados do estabelecimento, a legislação determina que estão fora do regime do controle de horário, não tendo, portanto, que assinalar o começo e término da jornada de trabalho, bem como seus intervalos, os gerentes, os diretores e chefes de departamento ou filial.
Entretanto, para que os empregados fiquem fora do regime de controle de horário, é necessário que o salário do cargo de confiança, compreendendo a gratificação de função, se houver, seja igual ou superior ao salário efetivo acrescido de 40%.

Mts

É como a colega orientou, mas, para que seja considerado cargo de confiança, não basta apenas "não bater ponto" ou receber a gratificação de 40% no salário.

O cargo de confiança vai além disso:

Mts, complementando, se o cargo for de confiança, do mesmo modo que não recebe extras, não podem ser descontadas as faltas.