Horário de Trabalho e Marcação de Ponto

Bom dia!
Estou pegando uma Empresa e estou verificando o horário de trabalho dos funcionários para colocar no Sistema.
Observei que tem funcionários que trabalham assim:
08:30 13:00 14:00 18:18 DE SEG A SEXTA
10:00 13:00 14:00 18:20 DE SEG A SABADO
Ou seja, eles tem dois horários. Numa semana trabalha das 8.30 as 18.18 de segunda a sexta e na outra semana trabalha das 10.00 as 18.20 de segunda a sábado.
Isso é correto? Pode ter horário assim? Tem alguns funcionários que fazem 3 horários no mês.
09:00 13:00 14:00 17:20 ESTE FUNC FAZ 03 HORARIOS NO MÊS
10:00 13:00 14:00 18:20
11:00 14:00 15:00 19:20
A Empresa tem quase 100 funcionários e não tem marcação de ponto eletrônico, somente manual.
Alguém pode me orientar em como eu faço para cadastrar esses horários?
Quando os funcionários trabalham em horários assim, é obrigatório ter um acordo coletivo no sindicato?
Se alguém puder me orientar agradeço.

Lucia

Entendo que se esses horários foram acordados previamente e estão descritos em contrato de trabalho e não extrapolam as 44 hrs semanais (se extrapolar deve-se pagar as HE) não há problemas.

O que vc pode verificar é se realmente existe necessidade dessa divisão nos horários e, se não for necessário, fazer a alteração para um hr padrão caso seja de interesse das partes e formalizar como um aditivo contratual.