salario maternidade

boa tarde!
Estou com uma duvida tinha uma funcionaria que estava gravida, e teve um problema de saúde. Apresentou um atestado a empresa de 60 dias, mas não era referente a sua licença. Então pagamos os 16 dias e encaminhamos para o INSS, mas foi negado. A pericia foi no mês de setembro.
A empresa deve pagar esse período? Por ter sido negado.
E outra duvida é que ela apresentou o atestado de licença dia 14, ou seja pago ela todo dia 14 os quatro meses? Ou pago ela dia 30 de setembro os 16 dias e outubro, novembro, dezembro completo e janeiro os 14 dias?

boa tarde

vamos ver se nos entendemos:

a funcionaria trouxe um atestado de 60 dias, a empresa paga os 15 primeiros dias e a partir do 16º dia o INSS quem paga.
O INSS negou o pedido, entendo que a empresa não deve arcar, sendo que ela tem direito a recorrer judicialmente se achar injusto a decisão.

Sobre a licença maternidade dos 120 dias, pra ver se nos entendemos vou dar um exemplo:
Ela trabalhou do dia 01/09/2017 a 13/09/2017 e o atestado é a partir do dia 14/09/2017 de 120 dias.

Nesse caso como é funcionaria registrada, a empresa é quem paga o salario dela normalmente e esse valor vem descontado da guia de INSS mensal.
Então se ela recebe R$1.000,00 por mes, ela continuara recebendo R$1.000,00 por mes, só a unica coisa que pode acontecer seria na folha aparecer discriminado diferente os dias( salario mensal 13 dias - licença maternidade 17 dias), e o pagamento continua a mesma regra de sempre, no 5º dia útil de cada mes.