Ausência de registro no livro-ponto

Olá

Trabalho em uma empresa com outros 30 funcionários. Na empresa existe o controle do horário por sistema eletrônico biométrico que não é homologado pelo ministério do trabalho (não há emissão de comprovante físico do ponto). Devido a isso, a empresa dispõe de um livro-ponto para que os funcionários registrem suas entradas e saídas. Esse sim é reconhecido pelo governo.

Um funcionário em específico, em seu 1 ano de empresa, jamais, uma vez sequer, registrou o ponto no livro-ponto. Todos os registros de horário constam apenas no sistema eletrônico que, repito, não é homologado.

Dos aproximadamente 30 funcionários, só há este que apresenta esse comportamento.

O que pode acontecer com o funcionário e com a empresa se as autoridades competentes forem notificadas da situação?

Fernando, bom dia.
Eu, (particularmente), entendo que o empregado não pode ser punido, isso porque a empresa está dando a opção do relogio e do livro de ponto, onde o empregado está optando pelo relogio, e não e culpa dele se o relogio não e homologado pelo m.trabalho.
Com relação a empresa ela sim ""poderá"" ser autuada pelo m.trabalho.

A empresa também não pode punir o empregado por ele não assinar o livro de ponto, isso porque tem o relogio.
Não faz sentido o empregado utilizar os dois mecanismo (relogio e o livro de ponto).