Pammela,
Independente da jornada semanal ser completada de segunda a sábado, você deve descontar o dia inteiro, porque se na semana tivesse um feriado o empregado faria jus ao benefício do reflexo nestas horas trabalhadas, pelo princípio do direito aplicado, descontaria 1 (um) dia.
Nos casos em que o empregado trabalha de segunda a sexta com uma hora de redução na sexta, você também desconta o dia inteiro e não apenas as horas quando o mesmo falta na sexta.
Seguindo a base legal o Art. 7º § 2º da LEI nº 605/1949
"Consideram-se já remunerados os dias de repouso semanal do empregado mensalista ou quinzenalista cujo cálculo de salário mensal ou quinzenal, ou cujos descontos por falta sejam efetuados na base do número de dias do mês ou de 30 (trinta) e 15 (quinze) diárias, respectivamente."
http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/L0605.htm