Fim de atestado + início de novo atestado

Um funcionário apresentou no dia 10/10/2017 atestado médico do SUS pelo período de 30 dias (Obs.: neste atestado não foi informada a CID pelo médico). Dia 09/11/2017, que seria a data para retorno deste empregado, pois os 30 dias venceram no dia anterior, o empregado apresentou novo atestado do SUS, agora com afastamento por 02 dias, válidos para os dias 09/11 e 10/11. O funcionário não apareceu para trabalhar no dia 11/11/2017 e no dia 13/11/2017 apresentou um novo atestado médico de 15 dias a contar do próprio dia 13/11 (Obs.: nos dois últimos atestados foi informado pelo médico o CID I743).

A empresa pagou os 15 primeiros dias de afastamento do funcionário. E o mesmo já está, desde o vencimento do primeiro atestado de afastamento, com perícia médica marcada no INSS (para dia 13/12/2017).

Em relação a essa situação, qual a obrigação da empresa em relação a pagamentos ao funcionário? Ela já pagou 15 dias referentes ao primeiro afastamento de 30 dias. Porém, depois disso o funcionário apresentou outros dois atestados, sendo que, nos dois últimos foi informado o número do CID, fato que não ocorreu no primeiro atestado, e ainda houve um período "descoberto de atestados" (apresentou atestado de 10/10 até 08/11, outro atestado de 09/11 até 10/11 e, por fim, um novo atestado com validade de 13/11 até 15/11).

No caso, a empresa tem que pagar alguma coisa para este empregado ou somente quando ele voltar a trabalhar efetivamente?

Wellison, bom dia.
Nesse caso, a empresa já fez a sua parte, pagou os quinze primeiros dias, cabendo ao INSS os restantes.
Com relação ao CID não é o médico que decide mencionar no Atestado, e sim o paciente(empregado), se o paciente autorizar o médico então menciona o CID, caso contrário não.

academiamedica.com.br

Com relação a complementação salarial, precisa verificar na convenção coletiva de trabalho, em algumas menciona que durante o periodo/dias xx a empresa e obrigada a pagar a diferença do salario atual e aquele percebido do INSS, limitado ao teto xx.
Para que a empresa possa pagar essa diferença o empregado precisa entregar a empresa o extrato(holerith) da previdencia social.

O que fazemos aqui é;
- Comunicamos por escrito ao empregado que ele terá direito conforme a clausula xx da convenção coletiva de trabalho a complementação salarial entre seu salario(empresa) - percebido pelo INSS, mas pra isso precisará apresentar o holerith(extrato) do INSS, no qual essa complementação e limitado ao teto constante na convenção coletiva de trabalho e por um prazo xx.

Assim o empregado fica ciente que só receberá a diferença, (caso tenha direito), se apresentar o extrato(holerith) do INSS.

ok