A GFIP serve como pagamento do INSS para sócio proprietário?

Sou engenheiro dono de empresa, minha empresa de engenharia presta serviço público para prefeituras através de licitações, meu contador disse que uma parte do valor do contrato a prefeitura retem, um pouco é imposto e o outro pouco é INSS, ele disse que então minha empresa fcia com um saldo INSS que ele pode usar para pagar meu INSS através da GFIP, mas ao consultar meu extrato do INSS após ele começar a pagar essas GFIPs vi que não consta nenhum pagamento do INSS desde então. Antigamente ele imprimia pra mim as guias do INSS e eu pagava, esses pagamentos que eu fazia consta no extrato, mas esses da GFIP não, alguém pode me dizer se isso que ele ta fazendo esta certo?

Boa tarde, desde que seu numero de inscrição esteja correto e não esteja sendo informado na GFIP ocorrencia 5 (multiplos vinculos sem a inserção de valor descontado de INSS), deveria aparecer sim em seu CNIS as conttribuições ao INSS.