Envio de SEFIP e pagamento de guia GPS

No caso de não haver pagamento de guia GPS o envio da GFIP sempre ficara pendente?
Exemplo uma empresa que não pagou as guias GPS, mas envio a GFIP dentro do prazo de todo ano de 2015, as mesmas se encontram com divergências no relatório da Receita Federal dados como identificação da empresa códigos e valores estão corretos na GEFIP a divergência só pode ser a falta de pagamento?

O envio da GFIP declara ao fisco o valor da GPS devida, e comprova que a entregou no prazo correto também a informação.
Se a empresa não pagou, vai constar no relatório de divergências, como notou, e impedir emissão de uma certidão negativa por exemplo.