Regiane, bom dia.
Infelizmente não há nada o que fazer, a briga vai ficar entre os médicos, vai chegar uma hora que o INSS irá até a empresa e solicitar a READAPTAÇÃO, onde o empregado irá, vamos assim dizer, estágio durante xx meses para se adequar a nova função e setor, se a empresa não concordar e o inss também, então ele continuará afastado.
Agora se o INSS insistir em não conceder o auxilio doença, então esse deverá ingressar com uma ação na justiça através de advogado previdenciário, onde a Justiça irá intimar o INSS e a empresa (depto médico, solicitando cópia do prontuário médico e laudo do médico), ok..
Regiane, isso é normal.