Olá Maria,
Primeiramente vamos tratar da questão do vale-transporte, nesse caso sua empregadora está incorrendo no que é chamado pela legislação trabalhista de "horas in itinere": que trata da condução fornecida pelo empregador até o local de trabalho de difícil acesso(onde não há transporte público). Além disso, sendo esse tempo computado na jornada de trabalho e indevido o desconto a título de vale transporte fornecido.
Com relação ao tempo ocioso na empresa, esse deve ser considerado como tempo a disposição do empregador e considerado como cumprido, sendo que não há mais trabalho a ser executado. Senão ficaria muito fácil para o empregador! Fulano vamos trabalhar na empresa do Beltrano, porque aqui na do ciclano não tem mais o que fazer! Veja bem você foi contratada para trabalhar numa distinta, que tem personalidade jurídica única, tendo assinado um Contrato de Trabalho com deveres e direitos, devendo,somente, a ela cumprir suas obrigações. Porém , como o empregador sabe que o empregado tem medo de perder o emprego, comete tais abussos!
Atenciosamente,
Wandercy