Auxilio Doença Indeferido

Bom dia tenho uma dúvida e gostaria, por favor, do auxílio dos senhores.

Estou com o caso abaixo:

Funcionário ficou afastado por auxilio doença no período de 21/04/2016 a 23/05/2016, compareceu a empresa e foi encaminhado ao medico do trabalho que o considerou INAPTO ao retorno de suas atividades. Entrou com processo na justiça federal solicitando o reestabelecimento do beneficio, de 09/06/2016 a 13/12/2016 ficou aguardando o resultado do processo em casa, processo foi improcedente.
Esse período de 09/06/2016 a 13/12/2016 e considerado falta? Como fica as ferias do funcionário:
Admissão: 24/09/2003

Nikolly Silva Grillo Pereira e considerado afastamento e se o afastamento foi maior que 180 dias perde-se o periodo aquisitivo