Dúvida sobre Autônomo/Prestador de serviço.

Bom Dia.

Gostaria que se alguém puder me esclarecer uma dúvida.
Uma determinada empresa possui prestadores de serviço autônomos, no entanto a mesma está com salários atrasados, chegou no mês de abril e o setor financeiro emitiu nota para pagamento de um prestador juntando os meses em abertos vou exemplificar abaixo.

Estava em aberto o mês de Fevereiro e março. O salário bruto mensal é de 3.500,00 onde deduz 20% do inss e o IR conforme tabela, o setor financeiro no mês de abril pagou os 2 meses em abertos consequentemente na nota o valor de 7.000,00 referente aos 2 meses, sendo assim o que eu havia informado no mês trabalhado em sistema de IR e inss mudou. Gostaria de saber como faço em relação para que o prestador não saia perdendo e nem a empresa se prejudique. Levando-se em consideração o regime de competência.