Controle de jornada

Olá! Como eu posso fazer o controle de jornada de trabalho de uma empresa de dedetização? No caso, as vezes eles tem clientes agendados para fazer a dedetização somente a noite. Posso ter um horário de trabalho flexivel? Por exemplo, em um dia ele entra as 14:00, trabalha até as 24:00, e no outro dia, entra as 11:00 (obedecendo o intervalo interjornadas de 11 horas). Tem poucos funcionários...
Liguei no sindicado, mas eles disseram que não passam informação porque não foi paga (e nem descontada do funcionário...) a contribuição assistencial..... (Dificil....)