Desconto de valor pago a maior

Boa Tarde,
Estou com uma duvida:

Tenho alguns funcionários com jornada 12x36, e as novas convenções que saíram em março e abril tiraram o pagamento de hora em dobro inclusive nos feriados.

Foram pagas horas em dobro desde Jan a Maio, sendo:
Jan e Mar - Incorreto devido a Convenção
Abr e Mai - erro da empresa.

Como devo proceder? posso descontar os valores pagos incorretamente pela empresa? e devo descontar também os valores pagos anteriores a convenção?

O sindicato diz que nada pode ser descontado. Que pra mim, é absurdo. Já que os mesmos possui parcela de culpa devido a atraso na convenção que tem data base 01/18.

Kamila, bom dia.
Se o sindicato menciona que não pode descontar, (prejuizo para a empresa), e caso a empresa queira mesmo assim descontar, então terá que correr o risco, sabendo/ciente que se o empregado questionar na justiça, caberá então a e justiça decidir.
Se mesmo assim a empresa quiser descontar, então terá que
a) convocar o empregado mencionando (por escrito) que foi pago indevidamente nos meses xx a hora extra e seus reflexos (detalhar mês a mês);
b) nesse comunicado mencionar também que será descontado nas folhas dos meses xx, yy, zz, etc... o valor R$ xx
c) se o empregado não quiser assinar que concorda ou não, então a empresa deve guardar o comunicado e se possivel com testemunha onde será mencionado que o mesmo foi comunicado.

Kamila, para a sua segurança(pessoal), faça antes um comunicado por escrito ao seu superior sobre a resposta do sindicato, para que lá na frente a empresa não venha "te culpar" que não foi avisada,ok.. (faça e peça ao seu superior que viste a segunda via, e(ele) mencione a decisão da empresa,assim deixará bem claro a decisão da empresa).