Desconto de valor pago a maior

Boa Tarde,
Estou com uma duvida:

Tenho alguns funcionários com jornada 12x36, e as novas convenções que saíram em março e abril tiraram o pagamento de hora em dobro inclusive nos feriados.

Foram pagas horas em dobro desde Jan a Maio, sendo:
Jan e Mar - Incorreto devido a Convenção
Abr e Mai - erro da empresa.

Como devo proceder? posso descontar os valores pagos incorretamente pela empresa? e devo descontar também os valores pagos anteriores a convenção?

O sindicato diz que nada pode ser descontado. Que pra mim, é absurdo. Já que os mesmos possui parcela de culpa devido a atraso na convenção que tem data base 01/18.