Wanessa, bom dia!
Desconto de Falta incide sobre o salário contratual e quanto ao desconto da Previdência Municipal não sei te afirmar, mas acredito que seja tributado em cima do salário + adicionais (Gratificação, HE de 50% a 100%, Adicional Noturno e etc), assim como a Previdência convencional. Aqui no meu estado não tem isso, deve haver legislação especifica para isso no seu estado.
Já as férias também tem incidência de INSS, somando o valor dos 30 dias + 1/3 de férias. O que não é tributado é o abono pecuniário (situação que é vendida parte das férias), este fica livre de tributação.