Vale transporte não descontado

Olá, pessoal!

Tenho uma dúvida: um empresa x não descontou o valor de 6% do vale-transporte de um colaborador por mais de 1 ano. Depois começou a descontar sem comunicá-lo. Nesse caso a empresa está certa ou o funcionário pode recorrer? O não desconto tornou-se um direito adquirido pelo funcionário?

Bom dia!
Para começar a descontar teria que ter conversado com ele, explicado a situação e solicitado assinatura dele na autorização de desconto.
Se não fez isso pode sim dar problemas.

No contrato que ele assinou quando entrou estava especificando esse desconto, mas não foi nesse período informado. Mesmo assim a empresa deveria ter o comunicado, né?

Como já citaram, o correto era ter o avisado o funcionário antes sobre o inicio dos descontos.

Ref. ao Direito adquirido é uma situação complexa.
No meu ponto de vista, o funcionário autorizou o desconto então não tem o que se falar em direito adquirido pois não é um beneficio dado por mera liberalidade da empresa, ademais penso que 1 ano é um prazo muito pequeno para se falar em direito adquirido.
O correto é você procurar o sindicato da sua categoria e pedir orientação jurídica nesse caso.