Bom dia Bianca,
Na teoria, a partir de 07/09 estaria por conta da empresa. Porém, já trabalhei em empresas que colocam o retorno no próximo dia útil.
Creio que não é o certo a se fazer (confesso que não consigo embasar legalmente minha resposta), maaassss... nunca tiveram problemas.
A questão é se realmente ele pode voltar a trabalhar. Se o exame está para 13/09, sugiro colocar o retorno no dia seguinte ao fim do benefício, ou no próximo dia útil, 10/09 (vai depender do que entendem como correto e do que é correto a fazer). Se o exame der inapto para retorno, o afastamento continua e estes dias ficam por conta do INSS. Se der apto, ele já se encontra recebendo por conta da empresa. Infelizmente, recebendo pra ficar em casa esperando o exame de retorno.
Ou ainda (mais arriscado): colocar o retorno no dia do exame mesmo. Se for uma pessoa sem muitos conhecimentos de contas, dias... etc, acabará não se dando conta de que a soma do benefício remanescente do INSS + dias proporcionais da empresa, não constam os dias de 07 a 12/09.
Espero ter ajudado.
Samanta