Mariana,
para solucionar, faça uma planilha no Excel, e coloque em uma célula a seguinte formula:
=(Saída do primeiro expediente - entrada)+(Saída do segundo expediente-entrada)-Horas normais, para o empregado que cumpre o horário 6:00 às 18:00.
Por exemplo, se for assim:
Entrada: 6:00 ( célula A1)
Saída: 11:00 ( celula A2)
Entrada: 12:00 (celula A3)
Saída: 18:00 ( celula A4)
Horas Normais: 7:20(celula A5)
Na celula A6 Vc. coloca a formula: =(A2-A1)+(A4-A3)-A5.
Informar os horários em centésimos.
Para o empregado que cumpre o horário das 18:00 às 6:00 do dia seguinte, coloque:
=(A2-A1)+(A4-A3)-A5+25, desta forma o Excel somará as horas certo. Coloquei +25 pois considerei a redução da hora noturna.
Para este, não esquecer de pagar o adicional noturno.
É uma maneira, mas pode existir outras, para os aprofundados em Excel.
Espero tê-la ajudado.