Daniele, bom dia.
Tivemos um caso parecido, em que alguns empregados estavam recebem o adicional de insalubridade indevidamente, fizemos o seguinte;
a) primeiro verificar no PPRA/PCMSO se o setor/função já estavam isento do pagamento
b) depois comunicar ao(s) empregado(s) por escrito mencionando que a partir do mês xx não será mais pago o adicional
Esse procedimento e para que no futuro em uma possivel reclamação trabalhista, não venha a empresa ser punida.
Com relação a sua pergunta em transformar esse em uma bonificação, primeiro verificar os itens (a) e (b) acima, para que o empregado não venha lá frente questionar que a empresa para não pagar como insalubre para fugir dos encargos principalmente previdenciário e também questões de saúde/segurança transformou em bonificação.
Antes de parar de pagar, verificar e colher por escrito do pessoal da área de segurança do trabalho e médico do trabalho, sindicato e meio complicado isso porque eles não estão "trabalhando na empresa" não sabe o que o empregado está se submetendo, e outra coisa importante em uma possivel reclamação/fiscalização do trabalho/justiça, eles irão solicitar o posicionamento da área de segurança do trabalho e medicina do trabalho, além do PPRA/PCMSO, ok..