Suzana, bom dia.
Essa empregada que está indo para a MEI, como sabemos o salario terá que ser o minimo federal ou piso da categoria, então precisa verificar, outra coisa, acho melhor dar baixa e registrar na MEI, isso porque lá na frente, essa pode questionar, e assim (baixa) pagará tudo e começara um novo registro. (essa e minha opinião).
Com relação ao PTC , se seu cliente insiste, então faça a transferência e aguarde, depois de alguns dias (15 dias uteis), verifique se deu tudo certo, caso contrário essa ficará com duas contas, também pode verificar junto ao suporte da CEF, no próprio formulario tem o telefone.
ok